پس از اینکه رضا فرجی‌دانا وزیر سابق علوم با برکناری فرهاد رهبر رئیس سابق دانشگاه تهران به محمدحسین امید معاون مالی و اداری وزارت علوم مأموریت داد تا شورایی را برای انتخاب رئیس قطعی دانشگاه تهران انتخاب کند، فرآیند تشکیل کمیته شورای منتخبان در اردیبهشت‌ماه در  دانشگاه تهران آغاز شد و اعضای شورا پس از تشکیل دو جلسه، 6 نفر را برای اعلام برنامه درباره ریاست دانشگاه تهران در نظر گرفتند که در این میان رحیمیان از دانشکده فنی، حسینی (مدیرکل دفتر گسترش) از دانشکده دامپزشکی، موسوی معاون بین‌الملل دانشگاه تهران، امید سرپرست دانشگاه تهران، نیلی‌احمدآبادی و کمره‌ای نیز از دانشکده فنی به‌عنوان کاندیداهای ریاست دانشگاه تهران مأمور به ارائه برنامه به شورای دانشگاه شدند.

در آخرین جلسه شورای منتخبان دانشگاه، اعضا پس از استماع برنامه‌های گزینه‌هایی که مایل به ریاست بودند، در نهایت پس از رأی‌گیری سه نفر را به‌‌عنوان افرادی که از بیشترین اقبال در جمع دانشگاهیان دانشگاه تهران برخوردار بودند (محمدحسین امید، رحیمیان و محمود نیلی احمد‌آبادی) را به فرجی‌دانا معرفی کردند و وی نیز در نهایت نیلی احمدآبادی را به‌عنوان سرپرست دانشگاه معرفی کرد. محمود نیلی احمد آبادی اما از سوی فرهادی وزیر علوم به عنوان گزینه اصلی ریاست دانشگاه تهران به شورای عالی انقلاب فرهنگی معرفی شد. گفتنی است پس از استیضاح رضا فرجی دانا و دو ماه سرپرستی محمدعلی نجفی بر این وزارتخانه، محمود نیلی احمدآبادی طی نامه‌ای توسط رئیس جمهور به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس معرفی شد. جلسه بررسی صلاحیت نیلی در روز چهارشنبه ۷ آبان ۱۳۹۳، در مجلس شورای اسلامی برگزار  و نیلی با کسب ۷۹ رأی موافق، ۱۶۰ رأی مخالف و ۷ رأی ممتنع از مجموع ۲۴۶ رأی مأخوذه، موفق به کسب رأی اعتماد از مجلس نشد.